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横浜 マンションのタンパク質の分析によく用いられる二次元電気泳動は、1次元目で細長いゲルを用いた等電点電気泳動を行い、それを2次元目のSDS-PAGEで更に分離するのが通常の方法である。
キャピラリー電気泳動（-でんきえいどう）は毛細管（キャピラリー）内で電気泳動を行う方法である。
無担体電気泳動（ゲルなどの担体を用いず溶液状態で行う電気泳動）ではジュール熱によって対流が起こりやすく、物質の安定した分離を行う上で不都合である。しかし十分に細い毛細管を使えば対流を防ぐことができ、発生するジュール熱の放熱も容易なことから、物質の分離に用いることができる。
この方法を応用した例として、自動塩基配列解析装置（DNAシーケンサー）がある。この装置では特殊な高分子の水溶液を充填した毛細管内で分子ふるい効果を作り、試料中のDNAをその塩基数の順に分離することができる。
SEOの分離にも有利な手法であることから、薬学や食品分野への応用が進んでいる。
特定の塩基配列をもつ核酸断片とタンパク質の結合を調べる実験系。転写因子の結合配列の解析に広く用いられる。EMSA (Electrophoresis Mobility Shift Assay) とも呼ばれる。
原理は核酸断片にタンパク質が結合すると核酸断片のみの場合よりも総体として分子量が大きくなるということで、この結果電気泳動で遅く流れること（移動度 mobility の違い）を利用して可視化する。
具体的な例としては、リンの放射性同位体でDNA断片を標識し、タンパク質と混合したのち、ポリアクリルアミドゲルで展開し、オートラジオグラフィーによって分析する。遊離しているDNA断片は早く流れるため下部にくるが、タンパク質が結合した断片はゆっくり流れるために上部にバンドとしてあらわれる。
核酸プローブと相補的な塩基配列を持つ DNA 断片をメンブレン(膜)上で検出する手法。
モバイルSEOには何らかの制限酵素で切断したDNAを電気泳動したのちに、ニトロセルロースやナイロンなどの膜へ拡散もしくは吸引によってブロット（転写）する。転写した核酸はUVもしくは煮沸によりメンブレン上に固定する。その後ラベルしたプローブとハイブリダイズさせ目的のDNAの存在を検出する。プローブのラベルにはリンの放射性同位体の他、ディゴキシジェニン (DIG),アルカリフォスタファーゼ付加などが用いられる。
なお、名前の由来は、開発者の エドウィン・サザン(Edwin M. Southern) の名による。この技術を応用して考案された他の方法は、氏の名にあやかり（というより駄洒落であるが）ノーザンブロッティングやウェスタンブロッティングと名づけられた。サザンブロッティングは人名由来のため、英文中においてもSouthern-と大文字で書き始められるが、ノーザンブロッティングやウェスタンブロッティングは人名ではないため、northern-、western-等と小文字で書き始める慣例がある。
分子生物学研究において用いられるRNAを検出する手法である。サザンブロッティングがDNAを検出することに対して、同様の原理によることから名づけられた。サザンブロッティングが開発者エドウィン・サザンの名からとられた事を踏まえ、一種のシャレとしてノーザンブロッティングと名づけられた。
抽出した RNA を電気泳動によって展開し、メンブレンに転写したのち、標識した核酸プローブを用いて検出を行う。一般に転写産物の量やサイズを調べるために行う。
細胞からフェノール試薬などを用いて核酸を抽出した後、RNaseフリーのDNaseによってDNAのみを消化し、アガロース電気泳動などによってゲル上に展開する。このゲルを拡散もしくは吸引によってメンブレンに転写（ブロット）し、さらに検出したいRNA配列に相補的な核酸を標識した核酸プローブをハイブリさせることで標的RNAの量、サイズを検出する。標識にはRIを用いた方法があるが、最近はDIGと抗体を用いたnonRI法が一般的。
電気泳動によって分離したタンパク質を膜に転写し、任意のタンパク質に対する抗体でそのタンパク質の存在を検出する手法。別名ウェスタンブロット法(Western blot analysis)。サザンブロッティング（南）、ノーザンブロッティング（北）の流れから、半ばジョークで命名されている（ちなみに様々な手法に「イースタン」と名付けられているが、確立したものはない）。前二者は核酸どうしの相補性を利用しているが、本法は抗体の特異性によって目的のタンパク質分子を区別している。よってイムノブロット (immunoblot; IB) とも呼ばれる。生命科学の研究者の間では、単に「ウェスタン」といえばこれを指す。
通常はタンパク質の立体構造を破壊するために、ドデシル硫酸ナトリウム(SDS)や2-メルカプトエタノールを加えたバッファーにタンパク質を溶解させる。これをSDS-PAGEにて展開し、ニトロセルロース膜やPVDF膜に転写する。この膜に対して免疫染色を行うことで、タンパク質を検出する。
単にタンパク質の存在を検出するだけでなく、そのタンパク質がどのような状態にあるかも(例えばリン酸基の修飾を受けているかなど)適当な抗体を用いる事で検出できる。また免疫沈降法という手法により、目的のタンパク質がどのようなタンパク質と結合しているかも調べる事ができる。このように生命科学の分野においては現在も極めて重要な手法として多くの研究者の間で重宝されている。狂牛病の二次検査で異常型プリオンの検出に用いられている手法の一つでもある。
液体と固体が接している所に電圧をかけた場合に、液体が移動する現象。これにより生じる液体の流れを電気浸透流（でんきしんとうりゅう）という。液体の中にある溶質や荷電粒子だけが動く電気泳動と違い、バルクの液体が動く現象である。19世紀初め、物理学者ロイスが電気泳動と同時に発見した。
毛細管や多孔質固体に液体を入れると、固液界面に電気二重層ができる。ここに電圧をかけると、液体の荷電部分が動き、それに引かれて液体全体も流れ出す。また荷電した高分子が溶媒とともにゲルを形成している場合にも、同様にして溶媒が移動する。
電気浸透流を利用したものに電気浸透ポンプ（EOポンプ）があり、微量の液体を動かすために燃料電池などに応用されている。
電気泳動では一般に液体が静止しているのが望ましいので、電気浸透は低いほうがよい（キャピラリー電気泳動では電気浸透流が無視できない）。そのためゲル電気泳動用アガロースは精製して荷電成分（アガロペクチン）を除いたものを使う。
短時間でブロッティングが可能でありバッファー量も少なくて済むが、その反面バッファーによる冷却ができないため熱を持ちやすい。低分子量タンパク質の転写効率は高いが、高分子量側の転写効率は低い。
タンク式
高分子量側でも転写可能だが転写効率は低い。バッファーは多く使うが、冷却しながらの転写が可能である。アクリルアミドゲルだけでなくアガロースゲルにも使用可能。
セミウェット式
以上を踏まえ、それぞれの実験に応じた装置を選択する必要がある。
生物学におけるシークエンスとは、核酸、蛋白質、糖鎖などの高分子化合物（ポリマー）において、それを構成するモノマーのつながっている順番（配列）のこと。これらの高分子化合物を構成するモノマーには、それぞれ多種類が存在し、生体内では、それがつながりあう順番を認識し区別する仕組みが存在する。これが、生体内で用いられている情報の本体であると考えられているため、それらの高分子化合物を研究対象とする場合、そのシークエンスを調べることは、最も基本的な作業のうちのひとつである。目的の分子のモノマーのシークエンスを実験により調べて決定する作業のことを、シークエンシングと呼ぶ。