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開示請求権
開示請求権とは、個人信用情報機関に登録されている本人情報の内容を確認することのできる権利です。
先物取引を記述するための表記法を策定しようとする動きもある。端的に言えば、生命の各構成要素を電子回路の各部品のように捉え、回路図のような標準的表記方法を確立しようと言うことである。こういったモデルを記述する言語のひとつにSBMLがある。
「In silico」の化学構造を表す内部表現形として, XML技術に基づいたChemical Markup LanguageやSMILES記法などが使用される。この内部表現形は巨大な化学データベースにおいて外部とデータ交換する際にも使用される。 化学データベースに詳しい。
現在では、さらにDNAチップによる標的DNA配列の同定を組み合わせた ChIP on chip がよく用いられる。
従来行われている似た方法にはゲルシフトアッセイがあるが、これは無細胞系(in vitro:細胞をすりつぶした溶液)を用いて、特定のDNAに結合するタンパク質を探す方法であった。それに対し、ChIPは生きた細胞(in vivo)を用いて、タンパク質の側からDNA配列を探すのが特徴である。
この方法が最も単純であるが、結果が出るのは遅く、感度も低い上、アガロースゲルの状態に左右されてしまう。そしてリアルタイムに結果を出す事はできない。
FXの試料と既知の試料を濃度の判明している近いサイズの DNA断片と共に用意する。
それぞれの試料の反応を同じ条件で同じ時間だけ(できれば同じプライマーを用い、または少なくとも同じ位のアニーリング温度で)行う。
アガロースゲル電気泳動で PCR産物を分離する。
既知と未知試料の相対的な量を測る事で未知試料を定量する。
この方法は一般的にプローブの標的配列が存在するか否かを単純にみるために使われ、「真の」定量PCR と言える場合は稀である。これは他のリアルタイムな方法に取って代わられてしまった方法であり、せいぜい半定量法である。
SYBRグリーンの利用はゲル電気泳動法よりも正確で、リアルタイムに結果が出る。DNA結合色素は新たに合成された二重鎖DNA へ結合し、緑の蛍光を増加させる。これを測ることで最初の濃度を計測する。しかしながらSYBRグリーンは目的の配列以外にも結合するため結果が混乱する可能性がある。
二重鎖DNA結合蛍光色素を加えてPCRを行う。
PCRを行うと同時に蛍光の強さを計測する。色素は二重鎖DNA と結合した際にのみ蛍光を発する。標準の(蛍光色素を加えない)試料と比較することで二重鎖DNA の濃度が定量される。
SYBRグリーン・プライマーデザイン用ソフトウェア
免疫沈降反応(可溶性の抗原と抗体が特異的に反応して不溶化し沈殿する反応)を利用して抗原を検出・分離・精製する、生化学の実験手法のこと。実験室では免疫沈降という略称で呼ばれることもある。
基質と抗体を多数架橋させることで、大きな構造体として不溶化させる。通常は抗体をセファロースビーズなどの担体に結合させ、より沈殿しやすくする。最近ではプロテインAやプロテインGを結合させた超常磁性の磁気ビーズを使用する方法もよく行われる。磁気ビーズ法では多孔性のセファロースやアガロースと比べてバックグラウンドを低く抑えられ、短時間での実験が可能。モノクローナル抗体よりもポリクローナル抗体の方が免疫沈降を行いやすい。試料を比較的穏和な条件で処理でき、目的の基質に結合する因子の特定などに用いられる他、タンパク質の精製などにも用いられる。
サンプルに特異性のない抗体(使用する場合は担体も)を混ぜ、遠心分離によって非特異的に吸着する成分を取り除く。上清に適当な濃度の特異性のある抗体を混ぜ、遠心分離で沈殿を回収する。沈殿を適当なバッファーで洗浄する。特異性が高く力価の高い抗体を用いれば比較的容易にできる。抗体の品質がポイントになることが多い。磁気ビーズ法では担体に磁気ビーズを使用し、遠心分離の代わりに磁石による分離を行う。遠心分離に比べて穏やかな条件下で分離精製ができ、夾雑物の少ないデータが得られることが多い。
免疫沈降法によって、目的のタンパク質と相互作用する(特異的に複合体を形成する)別のタンパク質との複合体を回収する方法が、共免疫沈降法(Co-immunoprecipitation:Co-IP)である。
さらにこれの応用として、あらかじめ目的タンパク質にタグを付けておき、タグとの結合を利用してこのような複合体を回収する方法もあり、プルダウン法(Pull-down assay)と呼ばれる(ただしタグ認識のために、抗体に限らずその他の特異的結合−例えばHisタグとニッケルキレート、GSTタグとグルタチオン、アビジンとビオチン等−を用いる方法もある)。
日本語でRNA干渉ともいう)は、二本鎖RNAと相補的な塩基配列を持つmRNAが分解される現象。RNAi法は、この現象を利用して人工的に二本鎖RNAを導入することにより、任意の遺伝子の発現を抑制する手法。アンチセンスRNA法やコサプレッションもRNAiの一形態と考えられる。
通常、遺伝子の機能阻害は染色体上の遺伝子を破壊することで行われてきた。しかし、RNAi法はこのような煩雑な操作は必要なく、塩基配列さえ知ることができれば合成したRNAを導入するなどの簡便な手法で遺伝子の機能を調べることができる。ゲノムプロジェクトによって全塩基配列を知ることのできる生物種では、逆遺伝学的解析の速度を上げる大きな要因の一つともなった。一方、完全な機能喪失とはならないこと、非特異的な影響を考慮する必要があるなどの問題もある。
1998年にアンドリュー・ファイアー等は線虫の一種であるモデル生物のC. elegansを用いて、センス鎖とアンチセンス鎖の混合RNAが、それぞれの単独RNAより大きな阻害効果があることを示した (Fire et al., 1998)。この効果は、標的mRNAとのモル比などから単純にアンチセンス鎖がmRNAに1:1で張り付いて阻害するのではなく、何らかの増幅過程を含むか、酵素的活性をもつことが予想された。その後、RNase IIIの一種であるDicerによって、長い二本鎖RNAが、siRNA(small interfering RNA)と呼ばれる21-23 ntの短い3'突出型二本鎖RNAに切断されること、siRNAといくつかの蛋白質から成るRNA蛋白質複合体であるRISC複合体が再利用されながら相補的な配列を持つmRNAを分解することがわかってきた。
2001年には哺乳類の細胞でsiRNAを導入することで、それまで問題となってきた二本鎖RNA依存性プロテインキナーゼの反応を回避することができた。これにより、遺伝子治療応用への期待が高まっている。RNAi機構は酵母からヒトに至るまで多くの生物種で保存されている。その生物学的な意義としてはウイルスなどに対する防御機構として進化してきたという仮説が提唱されている。さらに、染色体再構成などにも関わる可能性が示され、またstRNAなど作用機構の一部を共有するmiRNAが発生過程の遺伝子発現制御を行っていることなどが明らかとなり、小分子RNAが果たす機能に注目が集まるきっかけの一つとなった。また、酵母を用いた研究では、染色体のセントロメアやテロメアのヘテロクロマチン形成にRNAiの機構が関与していることが報告されている。
2006年、アンドリュー・ファイアーとクレイグ・メローはRNAi発見の功績よりノーベル生理学・医学賞を受賞した。
ポリメラーゼが働く温度になると、それはプライマーの結合した一本鎖DNAに相補鎖を作る。DNA の合成がプローブの位置に達すると、プローブはエキソヌクレアーゼ活性によって「上書き」される。結果、元あったプローブはバラバラになり個々のヌクレオチドとなる。すると蛍光レポーターはクエンチャーと分離するので、蛍光を発する。
PCR が進むごとに蛍光レポーターはクエンチャーから分離するので、蛍光ははっきりと幾何級数的に増加していく。これにより DNA の最初の量を正確に計測することが可能である。